Le site des "Rives de Beaugency" se trouve en rive gauche de la Loire, sur la commune de Beaugency, à l’est du pont et face à  la ville.
Le site naturel protégé présente une surface d'environ 55 hectares et fait partie du Domaine Public Fluvial (DPF), sous la responsabilité de la DDE du Loiret.

Le site fait l’objet d’une convention confiant sa gestion au Conservatoire depuis 1992. Cette convention est renouvelée régulièrement. Des études scientifiques conduisent à proposer un plan de gestion qui servira ensuite de fil conducteur aux actions et travaux menés sur le site dans le but d'en maintenir l'intérêt écologique.  

Le site se situe dans le lit majeur endigué de la Loire. Il longe le fleuve sur près de deux kilomètres et sur une largeur moyenne de 200 m. Il est limité au nord et nord-est par la Loire et au sud et sud-ouest par des pâturages de bovins. Il est partiellement inondable lors des crues « habituelles » et même totalement submergé par les crues centennales (la dernière fois en décembre 2003).
Ce secteur représente donc un champ de libre expansion des eaux pour le fleuve, ce qui est essentielle pour la dynamique fluviale (effet régulateur en cas de fortes crues).

Le site est inscrit dans une ZICO (zone d'intérêt communautaire pour les oiseaux n°C17) et dans le site Natura 2000 de la vallée de la Loire de Tavers à Belleville/Loire.

Le site est en outre inventorié en ZNIEFF de type II (zone naturelle d'intérêt écologique, faunistique et floristique n° 6007). L'îles aux oiseaux, en amont du site et en aval immédiat du pont, est particulièrement animée d'avril à juillet. Des milliers d'oiseaux y nichent.

Le site bénéficie également de deux arrêtés de protection de biotope. L’un est spécifique au Castor d’Europe (le site de Beaugency est en effet une des plus anciennes implantations durables du castor après sa réintroduction en Loire). Le castor y est toujours bien présent.

L’autre arrêté vise à protéger les habitats de nidification de la Sterne pierregarin et la Sterne naine (secteur des « Iles aux oiseaux », en aval immédiat du pont de Beaugency).  Chaque année, les Naturalistes Orléanais assurent la pose de panneaux rappelant les consignes de protection.

La Loire est un fleuve capricieux, son débit pouvant varier de 60 à 7000m3/s… C’est encore un "fleuve sauvage", changeant, vivant à son rythme propre, malgré l’emprise croissante du contrôle de l’homme. Le caractère inondable du site lui confère une réelle spécificité en matière de végétation et maintient de nombreuses zones humides favorables à la bio-diversité (insectes, batraciens, frayères à poissons, vasières propices aux échassiers)...

Les forêts alluviales, composées de saules et de peuplier à bois tendre, font le bonheur des castors résidant sur le site (photo de droite : un chantier de coupe en cours, décembre 2007).

Chantier de castor

Iles, grèves, prairies et forêts alluviales constituent un élément majeur du paysage du secteur.

Elles introduisent une ambiance naturelle et sauvage, qui contraste avec bonheur  avec le front de Loire de Beaugency, sur la rive opposée, urbanisé et riche d'une histoire millénaire. 

Un projet élaboré entre le conservatoire et la municipalité de Beaugency vise a faire de ce site un "jardin sauvage", davantage en lien avec la ville et sa population.

Le site est composé d'une multitudes de milieux différents, ce qui lui confère sa richesse et son intérêt écologique. Parmi ces milieux, les zones "ouvertes" (prairie, fruticée éparse) nécessitent un entretien afin que des végétaux invasifs (ronciers, aubépines), ne prennent pas le dessus.
On utilise en général des moyens mécaniques afin de faucher ces zones. Depuis 2006, le Conservatoire a passé un partenariat avec un agriculteur voisin du site afin que cet entretien soit assuré naturellement par des  bovins.