Le site naturel des Rives de Beaugency est situé sur le domaine public fluvial (DPF), il est donc la propriété du département, et sous la responsabilité de la DDT du Loiret.

Une convention  de gestion est passé entre la DDT et le Conservatoire , qui assure la gestion opérationnelle du site. Le  Conservatoire du Patrimoine Naturel de la Région Centre est une association membre de la fédération Espaces Naturels de France.

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Les îles aux oiseaux, concernées par un Arrêté de Protection de Biotope de la Préfecture du Loiret, sont gérées par Loiret Nature Environnement, qui assurent le suivi de la population des oiseaux nicheurs, les comptages des sternes et mouettes.

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Depuis le 11 juin 2007, un partenariat associe activement la municipalité de Beaugency à la mise en place d'un nouvel aménagement du site visant a mieux intégrer le site naturel au sein du territoire communal en tant que « jardin sauvage ligérien ».